吉林农业大学生态学科始建于2001年。在中国工程院院士、吉林农业大学原校长李玉教授的殷切关怀下，在东北师范大学生命科学学院李建东教授的积极指导下，由杨利民教授牵头创建。2003年依托生态学科，吉林农业大学与东北师范大学、中国科学院东北地理与农业生态研究所联合建设“省部共建生态恢复与生态系统管理国家重点实验室培育基地”。2011年通过学科评估，晋升为一级学科。

    学科以植物、动物、菌物等生物资源保护与可持续利用及农业生态问题为主要研究领域。以药用植物药效成分生物合成生理与分子生态机制及药材质量控制技术；蝙蝠的声学定位、捕食行为、系统发育等生态适应与进化；大型野生动物资源保护与栖息地生态监测评价；菌物生物多样性编目与保育及食药用菌栽培农业资源循环利用技术；药用植物连作障碍形成生态机制及土壤修复技术，以及生态旅游资源调查评价、开发利用和保护研究为优势和特色。近年来，获国家“973”计划、国家“863”计划、国家科技支撑计划、国家重点研发专项、国家自然科学基金和吉林省科技发展计划等国家和地方科研项目支持，获国家自然科学二等奖1项，国家科技进步二等奖1项，获吉林省科技进步一等奖5项、二等奖3项、三等奖2项，获中国授权发明专利30余项，在国内外学术期刊发表论文200余篇。

    学科现有教师32人，其中教授9人，副教授15人；博士生导师5人，硕士生导师22人；具有博士学位24人；学科拥有国家级和省级专家11人。